La salmonelosis es ocasionada por serotipos del género Salmonella, bacilos gran negativo pertenecientes a la familia enterobactereasea. Esta enfermedad tiene como vía de infección la oral. Los cobayos demuestran gran susceptibilidad a la salmonelosis, que es una enfermedad más grave
que afecta a los cuyes, presenta un cuadro patológico de mortalidad severa y aplicación de abortos, los animales presentan perdida de apetito, anemia, erizamiento del pelaje, jadeo, diarrea y parálisis de los miembros posteriores. En hembras en gestación se presenta abortos.

Los cuyes lactantes son los más susceptibles, bastando únicamente un estrés para activar la salmonella que se encuentran en estado latente.
Prevención:
- La alimentación debe ser bien manejado para evitar alimento contaminado.
- Efectuar desinfecciones periódicas de las instalaciones.
- Mantener cuarentena a todos los animales que se introducen de otros criaderos.
- Incinerar a los animales muertos y eliminar a los que sobrevivieron al brote.
- Desinfectar el equipo e instalaciones
Tratamiento
Los compuestos antibacterianos utilizados son el cloranfenicol, clorotetraciclina, estreptomicina y nitrofurazona. Se recomienda tratamiento con algunas de esta medicina.
Nitrufuranos: 3g/kg de alimento
Cloranfenicol: 5g/litro de agua
Estreptomicina: 2g/litro de agua
Esta enfermedad debe prevenirse; su curación deja lesiones y susceptibilidad en los sobrevivientes
Debe tratar de eliminarse la población afectada; si se trata de animales de recría se debe concluir con el engorde y venderse. En el caso de reproductores hay que eliminar los animales de las pozas donde hay habido alta mortalidad y, dado que estos animales se vuelven portadores. La limpieza de las pozas debe realizarse sin remociones brusca y debe encalarse la cama antes de su remoción.