El destete es la separación de las crías de la madre, el cual se realiza concluida la etapa de lactación, entre los 10 y 14 días de edad (2 semanas), en ocasión se puede destetar a los 21 días (3 semana). No es recomendable realizar a mayor edad debido a que los cuye son precoces (pueden tener celo a partir de los 16 días de edad) y se tiene el riesgo que la hembras salgan gestante de la jaula o pozas de reproductores.
Al momento del destete se debe determinar el sexo y caracterizar al animal, a fin de poder identificarlo con relativa facilidad. La identificación
es importante para seleccionar y descarte de los futuros reproductores. Pueden utilizarse arete o una descripción de algunos rasgos particular del
pelaje del animal. Los aretes pueden ser de confeccionarse con plancha lata y luego se colocan en la oreja del cuye, perforando la piel hasta asegurar el arete.
El sexaje se realiza cogiendo a cada cría de espaldas y observando sus genitales. Se puede ver que las hembras presentan la forma de una “V” en la región genital y los machos una especie de “i” claramente diferenciada.
Otra forma es revisar los genitales, haciendo una presión en la zona inguinal permite la salida del pene en el macho y una hendidura en las hembras.
Una vez realizado el destete se pesan los animales y se separan por sexo en grupos de 15 hembras y 10 machos en las pozas o jaula de recría. En lo posible se busca uniformidad de pesos. El peso puede oscilar entre 200 g a 754 g. dependiendo de la línea de cuye que se trabaje.